Phân bón là một trong những yếu tố quan trọng trong sản xuất rau. Phân bón cung cấp các chất dinh dưỡng cho cây trồng sinh trưởng phát triển, tuy nhiên khi sử dụng phân bón cũng tiềm ẩn nhiều nguy cơ ô nhiễm cho rau trồng. Trong sản xuất rau an toàn theo VietGAP, người sản xuất rau cần phải lưu ý các nội dung sau: 
Mua tiếp nhận phân bón
 - Chỉ mua, tiếp nhận phân bón theo danh mục phân bón được phép sử dụng theo luật định.
 - Khi mua và lựa chọn phân vi sinh từ công ty cung ứng, người sản xuất cần yêu cầu phân vi sinh đã qua xử lý để đảm bảo các nguồn gây bệnh đã giảm tới mức không gây hại cho sức khỏe con người, môi trường và không phải là nguồn gốc lây nhiễm của hóa chất (ví dụ như kim loại nặng). 
 - Đối với phân hữu cơ phải đã qua xử lý. Nếu mua phân hữu cơ chưa xử lý cần phải áp dụng phương pháp ủ phân thích hợp để giảm mầm bệnh tới mức không đe dọa tới sức khỏe con người, môi trường.
 - Ngay sau khi tiếp nhận phân bón, người sản xuất cầm nắm rõ về các nguyên liệu đầu vào nông nghiệp đã mua.
Bảo quản, vận chuyển
 - Phân bón được bảo quản ở nơi phù hợp để tránh ô nhiễm đất, nguồn nước, dụng cụ, thiết bị, vật liệu đóng gói và sản phẩm.
 - Phân bón được bảo quản trong môi trường khô ráo và để cách khu vực chứa sản phẩm ít nhất 5m. Để giảm nguy cơ nhiễm chéo,  phân bón hữu cơ  phải được để riêng, tách biệt với phân bón vô cơ.
 - Không bảo quản phân bón ở nơi gần với giếng nước, nguồn nước mặt.
 - Phân hữu cơ  cần được xử lý và vận chuyển cẩn thận để tránh các rủi ro lây nhiễm sang sản phẩm, như không vận chuyển phân hữu cơ chưa được xử lý bằng các phương tiện không che phủ trong thời tiết gió và trên các tuyến đường sát với những cách đồng rau sắp được thu hoạch trong khoảng vài tuần nữa.
Sử dụng:
 - Sử dụng lượng phân bón theo đúng yêu cầu dinh dưỡng của cây trồng.
 - Không tưới, bón phân hữu cơ trên phần ngọn của cây rau
 - Đối với các loại cây rau có thời gian sinh trưởng trong vòng 60 ngày, chỉ sử dụng phân hữu cơ trước khi gieo hạt và trộn phân với đất nhằm giảm thiểu nguy cơ tiếp xúc của các sản phẩm hữu cơ với phần ăn được của cây rau.
 - Nếu sử dụng phân hữu cơ, cần rãi phân hữu cơ dọc theo luống ít nhất 60 ngày trước khi thu hoạch.
 - Đối với phân vô cơ cần bón đủ liều lượng theo quy trình kỹ thuật cho từng loại rau, riêng phân đạm tránh bón quá mức và ngừng sử dụng ít nhất 10 ngày trước khi thu hoạch.
  - Ngay sau khi sử dụng phân bón cần vệ sinh sạch sẽ các dụng cụ để phòng tránh lây nhiễm đối với các sản phẩm đã thu hoạch.
 - Không sử dụng phân bón khi điều kiện chưa thích hợp. Ví dụ, khi đất còn quá ướt hoặc trong những ngày mưa... để tránh phân bón gây ô nhiễm nguồn nước mặt và nước ngầm. Không bón phân hữu cơ vào những ngày có gió, đặc biệt là đối với  những đồng ruộng  gần với những ruộng rau đang trồng hoặc sắp được thu hoạch.
 - Nông dân xử lý phân hữu cơ không nên đi vào những ruộng đang trong giai đoạn sản xuất nếu không đảm bảo vệ sinh  như  chưa vệ sinh giày ủng, quần áo và tay.
Ghi chép
 Người sản xuất cần xây dựng các báo cáo ghi chép về phân bón và lập thành hồ sơ về quá trình sử dụng các sản phẩm đầu vào nông nghiệp.